Структура органов прокуратуры Донецкой Народной Республики включает в себя Генеральную прокуратуру Донецкой Народной Республики, прокуратуры городов и районов, приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры, а также Научно–исследовательский институт при Генпрокуратуре ДНР.

Структура следственных органов Генеральной прокуратуры устроена таким образом, что следователи прокуратуры находятся в подчинении межрайонных прокуратур. При Генеральной прокуратуре создана следственная часть из 5 более опытных следователей прокуратуры.

Также при Генпрокуратуре создано управление по надзору за органами следствия.

Штатным расписанием Генпрокуратуры предусмотрено Управление экспертной деятельности, и в настоящий момент идет набор специалистов.

Главная военная прокуратура возглавляется заместителем Генерального прокурора Донецкой Народной Республики – Главным военным прокурором советником юстиции Варламовой С.В.